01x01 i 01x02 - Rising - Wynurzenie
 Dr Jackson odkrywa położenie Latającego Miasta Pradawnych, więc Generał O'Neill wydał zgodę, by dr Weir wyruszyła na ekspedycje, celem zbadania Atlantis. Po przybyciu na miejsce okazuje się, że miasto znajduje się pod wodą, a pole siłowe jest na wyczerpaniu i miastu grozi zalanie. Natychmiast wyruszają na inną planetę, gdzie spotykają zarówno przyjaciół, jak i wrogów.
|
01x03 - Hide And Seek - Zabawa w chowanego
 Dr McKay odkrywa urządzenie pradawnych, które okazuje się być osobistą tarczą ochronną. Tymczasem jedno z dzieci Athosian, gubi się w wielkim mieście. Chwile później zaczynają się problemy z zasilaniem. Okazuje się, że w mieście znajduje się obcy, który żywi się energią.
|
01x04 - Thirty-Eight Minutes - 38 minut
 Major Sheppard wraz ze swoją grupą ma za zadanie wrócić na planetę na której spotkali Athosian. W czasie powrotu jakiś dziwny robal przyczepia mu się do szyj i tak jak Wraith wysysa z niego życie. Żeby tego było mało to w czasie przelatywania przez Wrota, skoczek zaczepia o nie silnikami i klinuje się. Dr McKay ma 38 minut na rozwiązanie problemu, zanim wrota się zamkną.
|
01x05 - Suspicion - Podejrzenia
 Po kilku misjach, podczas których drużyna Sheppard'a ciągle spotyka Wraith, dr Weir sądzi, że to nie przypadek. Oficer ochrony zaczyna podejrzewać, że w bazie jest szpieg, który informuje Wraith o misjach. Wszyscy, oprócz majora Sheppard'a podejrzewają, że szpieg jest wśród Athozjan. Tymczasem dr McKay i dr Zolenka odkrywają, że dach hangaru się otwiera.
|
01x06 - Childhood's End - Koniec Dzieciństwa
 Podczas misji na nieznanej planecie, w czasie lotu, skoczek nagle traci zasilanie i Sheppard zmuszony jest lądować awaryjnie. Natrafiają na mieszkańców, którzy nie mają więcej niż 24 lata. Odkrywają też urządzenie, które wytwarza pole elektromagnetyczne i przez które się rozbili. Dr McKay stwierdza, że zasilane jest modułem ZPM, które zabiera na Atlantyde.
|
01x07 - Poisoning The Well - Zatruta studnia
 Drużyna Sheppard'a przybywa na planetę, na której wszyscy mieszkańcy pracują nad bronią przeciwko Wraith. Dowiadują się, że ta broń to lek, który może uodpornić ludzi na Wraith. Dr Carson współpracuje z głównym naukowcem Perną, by przyśpieszyć prace nad lekiem. Działanie leku mają zamiar sprawdzić na Wraith, którego przetrzymują na Atlantis.
|
01x08 - Underground - Podziemie
 Na Atlantis powoli zaczyna brakować pożywienia, dlatego też Teyla prowadzi Sheppard'a do Genii, rasy rolników, z którą już handlowała. W zamian za leki i C4, Genii zdecydowali się na oddanie części swoich upraw. Kiedy Sheppard i McKay wracają z Atlantis, gubią się i trafiają na podziemny bunkier. Okazuje się, że rolnictwo to tylko przykrywka Genii.
|
01x09 - Home - dom
 Dr McKay odkrywa, że mgła na jednej z odkrytych planet wytwarza dziwne fluktuacje w polu energii w czasie otwarcia tunelu, a wrota pobierają moc prosto z atmosfery. Dzięki temu możliwe będzie utworzenie połączenia z Wrotami na Ziemi. Każdy z drużyny jest przekonany, że to właśnie on wrócił na ziemię.
|
01x10 - The Storm - Burza
 Kiedy major Sheppard i Teyla zamierzają odwiedzić Athosian, odkrywają wielką burzę zajmującą ponad dwadzieścia procent planety. Dr Weir zarządza ewakuacje, a dr McKay i dr Zolenka wpadają na pomysł przekierowania energii piorunów do osłony miasta. Tymczasem grupa Genii ma plan, by w tym czasie przejąć miasto.
|
01x11 - The Eye - Oko
 Burza coraz bardziej przybiera na sile, tym samym zagrażając Atlantis. Major Sheppard chcąc powstrzymać Genii, wyłącza po kolei generatory. Odłączył też ten, który naprawiał dr McKay, uniemożliwiając tym samym odłączenie stacji uziemiającej. Komendant Kolya ma zamiar przysłać przez Wrota całą kompanie żołnierzy, by powstrzymać majora Shepparda.
|
01x12 - The Defiant One - Buntownik
 Jeden z naukowców odkrył satelitę, która była ostatnią linią obrony Atlantis. Po przybyciu na miejsce odkrywają sygnał wezwania pomocy z pobliskiej planety. Odnajdują tam statek Wraith, który rozbił się tam prawdopodobnie 10000 lat temu. W celu uzyskania jakiś cennych informacji Sheppard i McKay postanawiają go zbadać, lecz wkrótce dowiadują się, że nie wszyscy Wraith zginęli w katastrofie.
|
01x13 - Hot Zone - Gorąca strefa
 Dr McKay, wraz z grupą naukowców, bada niedawno zalane obszary Atlantis. Dwóch naukowców zgłasza przez radio, że są atakowani. Gdy McKay dociera do nich, znajduje ich martwych. Znajdują laboratorium, w którym są rozbite pojemniki i fiolki zawierające wirusy. Dr Weir zarządza kwarantannę, ale jeden z naukowców wpada w panikę i ucieka. Gdy dociera do mesy, włącza się automatyczny system epidemiologiczny i blokuje miasto.
|
01x14 - Sanctuary - Sanktuarium
 Kiedy drużyna Sheppard'a przebywa na orbicie jednej z nowoodkrytych planet, pojawiają się statki Wraith. Kiedy zaczynają przegrywać, zostają ocaleni przez błyskawice, która przyleciała z planety. Chcąc się dowiedzieć czy to jest broń przeciwko Wraith, postanawiają wylądować. Spotykają tam najwyższą kapłankę, Chaye Sor. Sheppard zabiera ją na Atlantis, by w ten sposób pokazać jej, że naprawdę potrzebują jej pomocy.
|
01x15 - Before I Sleep - Zanim usnę
 Atlantis powoli zaczyna być przeszukiwana, w celu znalezienia jakiś ciekawych pomieszczeń i urządzeń. W jednym z pomieszczeń zostaje znaleziona bardzo stara kobieta, przebywająca w stanie uśpienia. Podejrzewając iż ta osoba jest pradawną, budzą ją. Kobieta mówi, że jest dr Weir i że pierwsza ekspedycja się nie udała, gdyż Atlantis zatonęło. Zaczyna opowiadać o swojej podróży w przeszłość i uratowania Atlantis.
|
01x16 - The Brotherhood - Bractwo
 Drużyna Sheppard'a przebywa na planecie Dragon, na której wieki temu istniało Bractwo Piętnastu Mnichów, które miało za zadanie chronić ZPM. Bractwo upadło i teraz w ruinach świątyni szukają wskazówek, mogących pomóc odnaleźć ZPM. Jedyną szansą jest odnalezienie kamiennych znaczników. Sheppard nie wie, że ich poszukiwania obserwują Genii.
|
01x17 - Letter From Pegasus - List z Pegazusa
 Doktor McKay znalazł sposób na stworzenie tunelu z Ziemią, na czas potrzebny do wysłania wiadomości. Wymyślił sposób kompresji danych, pozwalający na przesłanie, raportów z misji, wiadomości o Atlantis, oraz wiadomości prywatnych. Wszyscy członkowie ekipy nagrają na kamerę pozdrowienia dla swoich rodzin. Tymczasem Sheppard i Teyla lecą skoczkiem, przyjrzeć się kilku statkom Wraith, lecącym na Atlantis.
|
01x18 - The Gift - Dar
 Od pewnego czasu Teyla miewa koszmary senne. Teyla wyczuwała Wraith od dziecka, ale teraz kiedy zbliżali się do Atlantis, wizje te przybrały na sile. Teyla dowiaduje się o planecie, na której kilka wieków temu, jej przodkowie wracali po schwytaniu przez Wraith. Sheppard martwi się i wysyła ją do psychologa.
|
01x19 - The Siege - Part 1 - Oblężenie cz.1
 Narasta konflikt między Teyl'ą a szefem ochrony, Sierżantem Bates. Kiedy Bates zostaje zaatakowany i ciężko pobity, podejrzenie pada na Teyle. Dopiero doktor Becket rozwiewa ich podejrzenia, gdyż odkrywa, że napastnikiem był Wraith. Tymczasem McKay leci do niedawno odkrytej satelity obronnej, by spróbować ją uruchomić, przed przylotem statków Wraith.
|
01x20 - The Siege - Part 2 - Oblężenie cz.2
 Kiedy system autodestrukcji zostaje uruchomiony i personel ma zamiar ewakuować się z bazy, uruchamiają się Wrota. Okazuje się, że SGC odnalazło ZPM i posiada nowe generatory naquadah. Na Atlantis przybywa Pułkownik Dillard Everett, który przejmuje dowodzenie i ma zamiar utrzymać Atlantis, aż do przylotu statku Dedal, z ZPM.
|
02x01 - The Siege - Part 3 - Oblężenie cz.3
 Dzięki Dedal'owi i transporterowi, atakujące statki Wraith zostają pokonane. Jednakże zostało wykrytych dwanaście statków-uli lecących na Atlantis. Major Sheppard decyduje się na kontratak. Tymczasem porucznik Ford zostaje odnaleziony w wodzie niedaleko Atlanis, z przyczepionym jego ciała Wraith. Wkrótce przez enzym Wraith wpuszczony w jego ciało, Ford zaczyna się przemieniać.
|
02x02 - Intruder - Intruz
 Dr Weir leci na ziemie na statku Dedal, wraz ze starszym personelem bazy i majorem Sheppard'em. Komisja międzynarodowa zatwierdziła zwiększenie personelu i dr Weir chce wybrać ich sama, a major Sheppard zostaje awansowany na podpułkownika. W drodze powrotnej na Dedal'u wydarzają się dziwne awarie. Dr McKay uważa, że na statku jest sabotażysta. Okazuje się nim, wirus Wraith.
|
02x03 - Runner - Uciekinier
 Major Lorne w czasie misji znajduje martwego Wraith. Okazuje się, że został zabity z ludzkiej broni, a jego enzym został zabrany, więc podejrzenia padają na Forda. Sheppard ma nadzieję, że uda się go schwytać i spróbować wyleczyć. Jednak na planecie Sheppard i Teyla zostają schwytani przez kogoś, kto od siedmiu lat ucieka przed Wraith. Tymczasem McKay trafia w ręce Ford'a.
|
02x04 - Duet
 W czasie misji na jednej z planet pojawia się Dart Wraith, który porywa dr McKay i porucznik Cadman. Sheppard nie może pozwolić, by Dart przeleciał przez Wrota, więc decyduje się go zestrzelić. Dr Zelenka może wyciągnąć jedną osobę i wyciągają dr McKay, ale razem ze świadomością Cadman. Na początku wszyscy myślą, że McKay zwariował.
|
02x05 - Condemned - Skazani
 Kiedy Sheppard przybywa na nową planetę, zostają niemiło przywitani. Kiedy się zaczęli wycofywać, nadleciał obcy statek, który im pomógł. Okazało się, że wrota znajdują się na wyspie, na której przebywali więźniowie. Na kontynencie planety żyje populacja nie nękana przez Wraith i są gotowi na negocjacje handlowe. Kiedy skoczek wraca do Wrót, zostaje zestrzelony przez więźniów.
|
02x06 - Trinity - Niedokończone sprawy
 Drużyna Sheppard'a odnajduje planetę, na orbicie której znajdują się szczątki floty Wraith. Postanawiają to zbadać i odnajdują na planecie nietkniętą placówkę pradawnych, chociaż cała planeta wygląda na bardzo zniszczoną. McKay uważa że pradawni pomylili się w obliczeniach i postanawia uruchomić broń. Tymczasem Ronon towarzyszy Teyli w misji handlowej i dowiaduje się, że nie jest ostatnim ocalałym z Cetida.
|
02x07 - Instinct - Instynkt
 Sheppard wraz z drużyną trafia do wioski, w której mieszkańcy są terroryzowani przez Deimos'a. Z opisu wynika, iż jest to Wraith. Sheppard oferuje pomoc w schwytaniu i zabiciu Wraith. W lesie znajdują jaskinie, w której znajduje się młoda samica Wraith wychowywana przez jednego z mieszkańców. Zaddik twierdzi iż wynalazł serum dzięki któremu Ellia nie czuje głodu, a w lesie znajduje się dorosły Wraith.
|
02x08 - Conversion - Przeistoczenie
 Sheppard zaczyna odczuwać skutki, po tym jak Ellia próbowała się nim pożywić. Staje się bardziej wytrzymały, szybszy i silniejszy. Nie przeszkadza mu to, dopóki zmiany nie stały się widoczne. Dr Beckett uważa, iż jego DNA się zmienia i jedynym ratunkiem mogą być komórki macierzyste z jaj owada zwanego iratus. Jednakże jaja są bardzo dobrze strzeżone, a mutacja postępuje bardzo szybko.
|
02x09 - Aurora
 Dzięki czujnikom dalekiego zasięgu i nowemu ZPM, McKay odkrywa statek wojenny Pradawnych. Dzięki Dedalowi dostają się na statek Aurora i odkrywają, że załoga żyje w sztucznie stworzonej wirtualnej rzeczywistości. Sheppard wchodzi do systemu by porozmawiać z kapitanem Aurory. Niestety Teyla znajduje Wraith, który również podłączony jest do systemu, a do Aurory zbliżają się dwa krążowniki Wraith.
|
02x10 - Lost Boys - Zaginieni chłopcy
 Drużyna Sheppard'a zostaje schwytana przez grupę ludzi, którymi dowodzi porucznik Ford. Dowiadują się, że wszyscy ludzie Ford'a zażywają enzym Wraith. Teyla i Ronon zostają podstępem zmuszeni do tego, by zażywać enzym. Ford chce udowodnić, że mimo iż zażywa enzym można mu ufać i planuje atak na statek-rój, a Sheppard musi pilotować zdobyczny Dart.
|
02x11 - The Hive - Rój
 Po nieudanej akcji drużyna Sheppard'a i ludzie Ford'a znajdują się w celi statku-rój. Zjawia się drugi statek-rój, co umożliwia podjęcie ucieczki. Jednak i ta się nie udaje i znowu trafiają do celi, tym razem zostają rozdzieleni. Królowa chce się dowiedzieć skąd Sheppard ma Dart'a, a reszta drużyny zaczyna odczuwać skutki braku enzymu. Tymczasem dr McKay bierze potężną dawkę enzymu by uwolnić się od ludzi Ford'a i wrócić na Atlantis.
|
02x12 - Epiphany - Objawienie
 Przez pomyłkę dr McKay, Sheppard wchodzi do jaskini, która jest chroniona przez dziwną barierę energetyczną. Dr McKay odkrywa, że czas wewnątrz pola leci o wiele szybciej niż na zewnątrz i musi znaleźć teraz sposób na uratowanie Sheppard'a. Tymczasem Sheppard znajduję wioskę w której żyją ludzie, którzy dążą do na wyższego poziomu egzystencji, czyli do ascendencji.
|
02x13 - Critical Mass - Masa krytyczna
 SGC dowiaduje się, że na Atlantis jest Gua'uld i podłożył gdzieś w mieście bombę, która aktywuje się w czasie nawiązania połączenia Atlantis z Ziemią. Dzięki powracającemu Deadl'owi możliwe jest połączenie radiowe i w ostatniej chwili zostało przerwane nawiązywanie tunelu. Kiedy McKay odłącza ZPM, sabotażysta wysyła sygnał pomocy do dwóch statków-rój Wraith.
|
02x14 - Grace Under Pressure - Zachowując zimną krew
 Dr McKay leci w niedawno naprawionym skoczku, w celu sprawdzenia jego sprawności. Niestety w czasie lotu coś się psuje, skoczek rozbija się w wodzie i zaczyna tonąć. Dr McKay znajduje się sam w tylnym przedziale i zaczyna mieć halucynacje. Widzi Major Carter i wspólnie próbują znaleźć sposób na ratunek. Niestety ich sposoby się różnią.
|
02x15 - The Tower - Wierza
 Drużyna Shepparda odkrywa wioskę, która nie martwi się o Wraith, ponieważ chroni ich Władca z wieży. Sheppard zostaje zaproszony do wieży i tam dowiaduje się, że wieża jest to część miasta identycznego do Atlantis, a mieszkańcy wieży posiadają gen umożliwiający używanie krzesła Aurory. Krzesło Aurory służy Chroniącemu Władcy również po to, by utrzymywać porządek i posłuszeństwo w królestwie.
|
02x16 - Long Goodbye - Długie pożegnanie
 Odnalezione w kosmosie dwie kapsuły ratunkowe zawierają ciała kobiety i mężczyzny. Kiedy zostają otworzone świadomość z ich czarnych skrzynek zostaje przeniesiona do umysłu dr Weir i pułkownika Sheparda i przejmują nad nimi kontrole. Wkrótce okazuje się, że oboje są swoimi wrogami i od wieków prowadzą wojnę. Teraz w nowych ciałach, polując na siebie. Pułkownik Caldwell ma poważny problem, bo ściga dwie osoby, które o Atlantis wiedzą prawie wszystko.
|
02x17 - Coup D'etat - Zamach stanu
 Major Lorne zostaje zabity w nieznanych okolicznościach na planecie, na której od dłuższego czasu ludzie z Atlantis nauczali rolnictwa i rybołówstwa. Teyla i Ronon przeprowadzają dochodzenie. Tymczasem z Atlantis kontaktuje się naukowiec, który był w grupie uderzeniowej Genii i w zamian za ZPM, prosi o pomoc w dokonaniu przewrotu na jego planecie. Ma zamiar obalić władzę Cowen'a.
|
02x18 - Michael
 W ambulatorium Atlantis budzi się człowiek z całkowitą amnezją. Dr Weir mówi mu, że nazywa się Michael Kenmore i jest porucznikiem, który został schwytany przez Wraith w czasie ostatniej misji. Wszyscy starają się przypomnieć mu kim jest. Jednak Michael czuje że coś nie jest w porządku i że jest coś, co przed nim wszyscy ukrywają. Wkrótce się dowiaduje, że był on Wraith.
|
02x19 - Inferno - Morze ognia
 Z Atlantis kontaktuje się rasa odkrywców, która odkryła placówkę pradawnych. Sheppard wraz z drużyną wybiera się do nich, by pomóc im naprawić generator osłon i dowiadują się, że w hangarze tej placówki znajduje się statek wojenny pradawnych. Dr McKay odkrywa, że z powodu używania osłon zasilanych przez energię geotermiczną, wulkan na którym została zbudowana baza zaczyna się budzić i wkrótce dojdzie do erupcji.
|
02x20 - Alliance - Sojusznicy
 Do Atlantis wraca Michael i składa dość niecodzienną ofertę. Prosi o retrowirus stworzony przez dr Becketta. W zamian udostępnia plany statku-rój i wszelkie informacje o Wraith. Dzięki retrowirusowi Michael chce zaatakować inne statki-rój Wraith i przemienić ich w alternatywne źródło pożywienia. Teyla nie wierzy w ich intencje, lecz dr Weir zgadza się na współprace z Wraith.
|
03x01 - No Man's Land - Ziemia niczyja
 W kierunku ziemi lecą dwa statki-ule z ulepszonymi silnikami. Dr McKay i Ronon są uwięzieni w kokonie na jednym ze statków. Sheppard znajduje się na myśliwcu F-302, który przyczepiony jest do jednego ze statków Wraith. Dr Weir zostaje wezwana na Ziemię, w celu przesłuchania przez komisję IOA. Tymczasem Michael zdaje sobie sprawę, że Wraith nie uważają już go za jednego ze swoich.
|
03x02 - Misbegotten - Bękarty
 Atlantis przygotowuje się do obrony, przed nadlatującym statkiem-rój. Okazuje się, że na pokładzie statku znajduje się Sheppard i z pomocą Michael'a steruje statkiem. Na pokładzie znajduje się też około dwustu Wraith, przemienionych w ludzi za pomocą retrowirusa. Dr Weir decyduje się umieścić ich na niezamieszkałej planecie, bez dostępu do Gwiezdnych Wrót. Mimo iż dr Beckett podaje im retrowirus, zaczynają sobie przypominać kim byli.
|
03x03 - Irresistible - Nieodparte
 Drużyna Sheppard'a trafi na osadę w której mieszka Luciusz. Człowiek bardzo popularny w swojej wiosce, posiadający sześć żon oferujący na wymianę tylko lekarstwa. Dr Beckett wybiera się na tą planetę by zbadać te leki i wraca na Atlantis wraz z Luciuszem. Jest nim zafascynowany. Wkrótce ta fascynacja przechodzi na innych członków ekspedycji. Tylko Sheppard nie znajduje się pod wpływem Lucjusza.
|
03x04 - Sateda
 Na jednej z planet Sheppard z drużyną odnajdują wioskę, której mieszkańcy rozpoznali Ronon'a jako ściągający Wraith. Okazuje się że Ronon był już kiedyś w tej wiosce. Sheppard, Teyla i Ronon zostają złapani przez mieszkańców z zamiarem wydania ich Wraith. Ronon negocjuje wydostanie Shappard'a i Teyle, dobrowolnie poddając się każe. Zostaje on wydany Wraith, którzy transportują go na rodzinną planetę i teraz ponownie musi uciekać.
|
03x05 - Progeny - Potomstwo
 McKay odkrywa adres placówki badawczej pradawnych. Kiedy wysyłają sondę okazuje się, że żyją tam ludzi umiejący posługiwać się sprzętem pradawnych. Dr Weir wybiera się na tą planetę w celu nawiązania stosunków dyplomatycznych i handlowych. Jednakże przewodniczący rady Oberoth, nie chce się zgodzić na żadną wymianę i uniemożliwia im wydostanie się z planety. Wkrótce dr Weir się przekonuje, że to są Replikatory.
|
03x06 - The Real World - Prawdziwy świat
 Dr Weir budzi się w szpitalu psychiatrycznym Welleby na Ziemi. Dowiaduje się, że trzy dni temu zemdlała w czasie mediacji traktatu dla ONZ, a wydarzenia jakie miały miejsce przez ostatnie dwa lata na Atlantis nie wydarzyły się i że to tylko traumatyczne doświadczenie. Dr Weir miewa dziwne halucynacje i na początku nie wierzy w to co mówi psychiatra dr Adam Fletcher.
|
03x07 - Common Ground - Wspólny cel
 Drużyna Sheppard'a zostaje zaatakowana przez grupę Genii i Sheppard zostaje porwany. Przywódca Genii Ladon przybywa na Atlantis, by pomóc, lecz zostaje zatrzymany, gdyż jest podejrzany o to, że jest zamieszany w porwanie Sheppard'a. Wkrótce z Atlantis kontaktuje się Komandor Kolya i żąda wydania Ladon'a. Torturuje on Sheppard'a, karmiąc nim Wraith, po to by zaszantażować tym dr Weir.
|
03x08 - McKay And Mrs. Miller - McKay i pani Miller
 Podpułkownik Samantha Carter zainteresowała się dowodem matematycznym z zakresu fizyki teoretycznej napisanym przez Jeannie Miller, siostrę dr McKay. Rodney wybiera się na ziemię, po to by przekonać siostrę, by na podstawie jej obliczeń, pomogła im wygenerować energię Zero Punktową. Na Atlantis dr Zelenka buduje urządzenie do generowania zasilania. Jednak że w czasie eksperymentu w komorze pojawia się dr McKay pochodzący z równoległego wszechświata.
|
03x09 - Phantoms - Urojenia
 Drużyna majora Lenarda nie wróciła ze zwiadu, w czasie którego mieli sprawdzić dziwne odczyty energetyczne, więc Sheppard wyrusza sprawdzić co się stało. Na planecie znajdują ciała kilku Genii, którzy zdaniem dr Beckett'a, pozabijali się nawzajem. Dr McKay odnajduje jaskinie, w której znajduje się dziwne urządzenie Wraith. Wkrótce wszyscy zaczynają odczuwać działanie urządzenia, które wywołuje halucynacje.
|
03x10 - The Return - Part 1 - Powrót - cz. 1
 W czasie testu z połączonymi wrotami, dr McKay odkrywa statek, który porusza się w dziwny sposób. Okazuje się że to statek wojenny pradawnych, próbujący wrócić do Atlantis. Kiedy przybywają na Atlantis z pomocą Dedala. Proszą by ziemianie opuścili Atlantis. Ekspedycja z Atlantis wraca na ziemię. Na Atlantis zostaje Woolsey i O'Neill. Wkrótce jednak informują SGC, że do Atlantis zbliżają się Replikatory.
|
03x11 - The Return - Part 2 - Powrót - cz. 2
 Replikatory zajęły Atlantis. Sheppard łamie rozkazy, gdyż nie może pogodzić się z decyzją O'Neilla, odnośnie zniszczenia Atlantis. Dr McKay ma plan by zniszczyć Replikatory za pomocą Niam'a, Replikatora, którego jakiś czas temu zostawili w kosmosie. Kiedy McKay wgrywa wirusa Niam'owi, Sheppard próbuje uratować O'Neill'a i Woolsey'a. Niestety Niam się budzi i cały plan trzeba zmienić.
|
03x12 - Echoes - Echa
 Dr McKay zainteresował się wielorybem, który przypłyną do Atlantis. Sądzi że to ten sam, który uratował go jak był w zatopionym skoczku. Tymczasem Teyla zaczyna widzieć pradawnych. Wkrótce coraz więcej osób zaczyna widzieć pradawnych. Podejrzenia padają na wieloryby, których coraz więcej przypływa do Atlantis.
|
03x13 - Irresponsible - Lekkomyślny
 Teyla słyszała opowieści o człowieku, którego nazywają Wielkim Bohaterem Miasta. Sheppard chce go poznać więc on i jego drużyna się tam wybierają. Okazuje się że tym człowiekiem jest Lucjusz i posiada osobistą osłonę pradawnych. Jednak sprawy przybierają zły obrót , kiedy do miasta przybywa Kolia.
|
03x14 - Tao Of Rodney - Tao Rodney'a
 Rodny przeszukując zalane tereny Atlantis, odkrywa laboratorium. Uruchamia urządzenie i zostaje porażony impulsem energii. Wkrótce zaczyna mieś zdolności kinetyczne i czytać w myślach. Okazuje się że urządzenie przyśpiesza w ewolucji i ma pomagać w osiągnięciu Ascendencji.
|
03x15 - The Game - Gra
 Dr McKay i Sheppard odkryli na Atlantis pomieszczenie, które służyło pradawnym prawdopodobnie jako pokój do gier. Od dwóch lat grają w grę, w której kierują rozwojem dwóch państw. Tymczasem Major Lorne jest na misji zwiadowczej i odkrywa mieszkańców, którzy na ulicach mają rozwieszone podobizny McKay'a. Okazuje się, że ta gra dzieje się naprawdę.
|
03x16 - The Ark - Arka
 SG1 odnajduje we wnętrzu asteroidy opuszczoną stację kosmiczną i zamierzają ją przeszukać. McKay uruchamia zasilanie, tym samym uruchamiając urządzenie do przechowywania wzorów energetycznych, takich samych jakie używają Wraith. Człowiek który się zmaterializował nazywa się Herrick, który informuje, że w przechowalni jest jeszcze ponad tysiąc osób.
|
03x17 - Sunday - Niedziela
 Dr Heightmeyer zarządziła obowiązkowy dzień odpoczynku. Dr Carson ma lecieć skoczkiem na kontynent by łowić ryby. Dr Weir zostaje zaproszona na lunch przez Mike Branton'a. Sheppard i Ronon grają w golfa. Jednak dzień odpoczynku zostaje przerwany przez tajemniczą eksplozję w której ranna zostaje Teyla.
|
03x18 - Submersion - Zanurzenie
 Rodney odkrywa ruchomą stację wiertniczą, znajdującą się głęboko pod wodą. Drużyna wyrusza wraz z dr Weir by ją zbadać. Na stacji Teyla bardzo silnie odczuwa obecność Wraith. Okazuje się że tym Wraith jest królowa, która spędziła pod wodą tysiące lat i bardzo chce się z stamtąd wydostać.
|
03x19 - Vengeance - Zemsta
 Ekspedycja straciła kontakt z Terananami, z ludem który niedawno został uratowany przed wybuchem wulkanu. Drużyna Shepparda wyrusza na planetę na którą zostali przeniesieni i odnajduje opuszczoną wioskę. Pod wioską odkrywają podziemne tunele, w których ktoś prowadzi eksperymenty z robakami iratus.
|
03x20 - First Strike - Pierwsze uderzenie
 Na Atlantis przybywa Pułkowniku Ellis dowódca statku Apollo. Informuje wszystkich, że Replikatory budują wiele statków kosmicznych, które chcą wysłać na Ziemię. Jednak IOA ma plan dzięki któremu mogą zniszczyć wszystkie statki Replikatorów jednym uderzeniem. Jednakże w odpowiedzi na atak, Replikatory wysyłają na Atlantis satelitę, która jest jednocześnie bronią.
|
04x01 - Adrift - Dryfując
 Atlantis udało się uciec przed niszczącym promieniem satelity. Jednak satelita trafia w wieże i Dr Weir zostaje poważnie ranna. Tymczasem McKey boryka się z uszkodzonymi przewodami elektrycznymi przez które ucieka energia z modułów ZPM. Z braku energii kurczy się osłona wystawiając miasto na niszczącą przestrzeń kosmiczną.
|
04x02 - Lifeline - Linia życia
 Energia na Atlantydzie drastycznie się kurczy. McKey szukając rozwiązania odkrywa w jakiej części kosmosu się znajdują i jakie są planety w pobliżu. Jedną z planet okazuje się ojczyzna Replikatorów, na której znajdują się moduły ZPM. Sheppard akceptuje szalony plan zdobycia ZPM, w którym istotną rolę odgrywa dr Weir.
|
04x03 - Doppelganger - Spotkanie po latach
 Dowództwo na Atlantis przejmuje Pułkownik Carter, a Ronon odnajduje trzech Satedan, przyjaciół i podwładnych. Chwalą się tym, że spędzają czas na zabijaniu Wraith. Ronon rozważa możliwość opuszczenia Atlantis. Jednak zanim podejmuje decyzje prosi Shepparda o pomoc w ataku na laboratorium Wraith. Plan ataku wymyślili Satedanie.
|
04x04 - The Seer - Sobowtór
 W czasie badania jednej z planet Sheppard dotyka dziwnego kryształu rosnącego na drzewie i emitującego energie. Po powrocie na Atlantydę Teyli śni się koszmar, w którym występuje Sheppard. Wkrótce inne osoby z ekspedycji zaczynają śnić koszmary. McKey odkrywa, że do bazy przedostała się istota żywiąca się strachem.
|
04x05 - Travelers - Podróżnicy
 Pułkowniku Sheppard zgłasza się na ochotnika do misji zaopatrzeniowej. W czasie powrotu do Wrót zostaje zaatakowany i obezwładniony przez nieznanej konstrukcji statek. Sheppard dowiaduje się, że jest porwany przez kosmicznych nomadów, którzy potrzebują go do uruchomienia pancernika Lantian, klasy Aurora.
|
04x06 - Tabula Rasa - Czysty umysł
 Zespół botaników przyniósł z innej planety próbki różnych gatunków roślin. Nieświadomie przenieśli też bakterię która w bardzo szybki sposób i nie uruchamiając systemów bezpieczeństwa miasta, rozprzestrzeniła się na Atlantis. Jednym z objawów zaawansowanej choroby jest utrata pamięci. Tylko Ronon i Teyla są naturalnie uodpornieni.
|
04x07 - Missing - Zaginieni
 Teyla i Dr Keller przechodzą przez wrota i udają się od wioski w której żyją Athozjanie. Kiedy jednak docierają do wioski, zastają ją opuszczoną. Wkrótce dowiadują się, że na planecie znajdują się Bola Kai, bezlitosne i wojownicze plemię. Bola Kai wystawili strażników przy wrotach uniemożliwiając Teyla i Dr Keller wrócenie do bazy.
|
04x08 - The Seer - Prorok
 Na Atlantyde przybywa Woolsey z IOA, by jako obserwator ocenić pracę pułkownik Carter. Tymczasem drużyna Shepparda wybiera się na planetę na której żyje człowiek, który widzi przyszłość, a jego wizje się spełniają. Davos nie tylko widzi przyszłość, ale i potrafi przekazywać te wizje innym. Tymczasem z Atlantis kontaktuje się Wraith i chce razem z dr McKay zmodyfikować wirusa, którego użyje przeciwko Replikatorom.
|
04x09 - Miller's Crossing - Przeprawa Miller
 Zespół dr McKay bezskutecznie próbuje zmodyfikować oprogramowanie Nanitów. Prosi siostrę o pomoc. Jeanie zostaje porwana, kiedy McKey przysyła oprogramowanie do nanitów. Sheppard i McKay przybywają na ziemie by odnaleźć Jeanie. Jednak i dr McKay zostaje porwany.
|
04x10 - This Mortal Coil - Śmiertelna powłoka
 Rodney chcąc zwiększyć wydajność Gwiezdnych Wrót, uruchamia własny program usprawniający. Powoduje to usterkę Wrót, której nie jest w stanie naprawić. Kiedy wraz z dr Zelenką próbują rozwiązać program coś niespodziewanie uderzyło w miasto. Tymczasem kiedy Sheppard i Ronon trenują, przez przypadek Sheppard zostaje uderzony w łuk brwiowy i wymaga zszywania, jednak gdy dociera do ambulatorium, po ranie nie zostało śladu.
|
04x11 - Be All My Sins Remember'd - Niech zapamiętają moje grzechy
 Do walki ze statkami Replikatorów zostały użyte okręty Apollo i Dedal z nową Asgardzką kierunkową bronią plazmową. Jednak po pewnym czasie Replikatorzy zdecydowali się zawrócić wszystkie swoje okręty na ojczystą planetę. W tym czasie McKey znalazł sposób na zniszczenie Replikatorów, ale żeby plan się powiódł trzeba zawrzeć sojusz z Wraith i kosmicznych nomadów.
|
04x12 - Spoils of War - Zdobycz wojenna
 Tydzień po bitwie z Replikatorami skanery dalekiego zasięgu na Atlantis, odkrywają sygnał urządzenia naprowadzającego, którego używał Wraith, pomagający McKey przy modyfikacji oprogramowania Nanitów. Kiedy udają się w miejsce sygnału znajdują opuszczony statek-rój. Po przeszukaniu dziennika podróży McKey natrafia na ślad ściśle tajnej placówki Wraith.
|
04x13 - Quarantine - Kwarantanna
 Nowa planeta na której wylądowało miasto, niesie ze sobą sporo niespodzianek. Burza która przeszła niedawno w pobliżu miasta spowodowała zakłócenia w jonosferze planety, które zdestabilizowały systemy i miasto zarządziło całkowitą kwarantannę. Wszyscy zostali gdzieś pozamykani, bez możliwości kontaktu z innymi i bez możliwości działania.
|
04x14 - Harmony - Harmonia
Pułkownik John Sheppard i doktor Rodney McKay znajdują się na jednej z planet, z którą handlują i którą uprzedzają o obecności Wraith. Zostają poproszeni by z młodziutką pretendentką do tronu, udali się do starożytnych ruin, w których przejdzie rytuał przejścia. Jednak w trakcie podróży natrafiają na Genii, którzy chcą zabić przyszłą królową.
|
04x15 - Outcast - Wyrzutek
 John Sheppard wraz z Rononem przybywają na ziemię, na pogrzeb ojca Johna. Po pogrzebie zostają zaczepieni przez nieznaną kobietę, która zna wydarzenia związane z porwaniem doktora Rodneya McKaya przez Henry'ego Wallace'a. Okazuje się, że na ziemi istnieje replikator zbudowany przez doktora Richarda Poole'a.
|
04x16 - Trio
 Samanta Carter, doktor McKay i doktor Keller wybrali się na planetę na której mieszkańcy byli kiedyś zatrudnieni jako górnicy w kopalniach przez Genii. W trakcie drogi do wioski niespodziewanie, wpadają do pomieszczenia używanego kiedyś przed Genii. Mają niewiele czasu by opracować drogę wydostania się, gdyż na tej planecie występują silne trzęsienia ziemi.
|
04x17 - Midway - Stacja przesiadkowa
 Na Atlantis przybywa Teal'c by przygotować Ronona do rozmowy z IOA. Zanim jednak przybędą na Ziemię muszą spędzić 24 godziny na stacji Midway, znajdującej się pomiędzy dwoma galaktykami. Kiedy przebywają na stacji, zostaje ona zaatakowana przez Wraith, którzy przenoszą się na ziemię. Ronon i Teal'c ścigają ich w SGC na ziemi.
|
04x18 - The Kindred - Part 1 - Krewni - cz. 1
 Teyla ma sny i wizję w czasie medytacji, w których widzi ojca swojego nienarodzonego dziecka. Teyla podejrzewa, że Kanaan w ten sposób daje jej wskazówki o miejscu przebywania swojego ludu. Tymczasem Wraith Todd, kontaktuje się z Atlantis i prosi o pomoc w wynalezieniu szczepionki na Lek Hoffan'a, który zabija i Wraith i ludzi.
|
04x19 - The Kindred - Part 2 - Krewni - cz. 2
 W jednym z więzień Michael zostaje odnaleziony żywy doktor Carson Beckett. Wszyscy są tym zaskoczeni, jednak wkrótce odkrywają, że jest klonem Carsona który zginął pół roku temu podczas wybuchu. Tymczasem Tyle przetrzymuje Michael mówiąc, że ma wielkie plany dla jej narodzonego dziecka.
|
04x20 - The Last Man - Ostatni człowiek
 Pułkownik Sheppard wraca na Atlantydę. Kiedy jednak wychodzi z gwiezdnych wrót nikogo w mieście nie spotyka. Odkrywa nawet, że na całej planecie nie ma wody, a Atlantyda w połowie przysypana jest piaskiem. Od holograficznego McKay'a dowiaduje się zę z powodu awarii przeniusł się o 48000 lat w przyszłość.
|
05x01 - Search and Rescue - Akcja ratownicza
 Pod gruzami laboratorium dr McKay znajduje działający dysk, z zapiskami badań medycznych Michaela. Kiedy przybywają ratownicy z Atlantis pojawia się również krążownik Michaela, z Teylą na pokładzie.
|
05x02 - The Seed - Nasiono
 Dr Keller znajduje lekarstwo na degradacje komórek dr Becketta. Tymczasem członkowie załogi Atlantis, którzy przebywali na planecie z zawalonym laboratorium zarazili się obcym patogenem wyprodukowanym przez Michaela. Jednakże tylko Dr Keller ma widoczne skutki tego zarażenia.
|
05x03 - Broken Ties - Zerwane więzi
 Tyre, Satedanin który zaprzedał się Wraith i chciał zwabić w pułapkę Ronona i jego towarzyszy, popadł w niełaskę u Wraith. Aby ją odzyskać zapolował na Ronana, by oddać go w ręce Wraith. W tajnym laboratorium Ronan przechodzi pranie mózgu i staje się sługą Wraith.
|
05x04 - The Daedalus Variations - Odmienne światy Dedala
 Na orbicie Atlantis pojawia się niespodziewanie Dedal, okręt który powinien być w drodze na ziemię. Kiedy McKay odkrywa brak życia na pokładzie, więc Sheppard decyduje się wejść na pokład i zbadać co się stało z załogą. Na pokładzie Dedala McKay odkrywa, że statek skacze pomiędzy alternatywnymi rzeczywistościami.
|
05x05 - Ghost in the Machine - Duch w maszynie
 Drużyna Shepparda powraca z misji na Atlantis. Niespodziewanie Skoczek doznaje serii dziwnych awarii. Kiedy wrócili na Atlantis, takie same awarie zaczynają nękać miasto. Okazuje się, że do komputerów miasta, z podprzestrzeni, dostała się świadomość Elizabeth Weir.
|
05x06 - The Shrine of Talus - Świątynia
 Dr Rodney McKay zachorował. Doktor Keller dowiaduje się, że w galaktyce Pegaza chorują na nią ludzie starsi, nie ma na to lekarstwa i prowadzi do śmierci. Jednym z objawów tej choroby jest to, że bardzo szybko traci się pamięć. Siostra McKeya przybywa na Atlantis by pożegnać się z bratem.
|
05x07 - Whispers - Szepty
 Drużyna Majora Teldy na jednej z planet odnajduje tajne laboratorium Wraith. Dr Beckett przebywający tymczasowo na Atlantis, wraz z pułkownikiem Sheppardem udaje się na tą planetę i odkrywają, że laboratorium należy do Michaela. Jednak prowadzony w nim eksperyment został przerwany.
|
05x08 - The Queen - Królowa
 Z Atlantis kontaktuje się Wraith i zaprasza na rozmowy pokojowe. Dr Keller proponuje terapie genową dzięki której Wraith nie będą potrzebowali żniw. Teyla zgadza się przybrać postać królowej, by rozmawiać królową innej frakcji. Wraith którego nazwali Todd ma jednak własne plany wobec królowej.
|
05x09 - Tracker - Tropiciel
 Dr Keller, McKay i Ronon wybierają się na planetę, na której ludzie chorują na odmianę grypy. Dr Keller zostaje porwana przez uciekiniera. Ronon i McKay ruszają w pogoń za uciekinierem. Jednak uciekiniera ścigają jeszcze Wraith. Jak się okazuje uciekinier porwał dr Keller by ta pomogła choremu dziecku.
|
05x10 - First Contact - Pierwsze starcie
 Doktor Jackson przybywa na Atlantis gdyż przypuszcza, że tajemne laboratorium Pradawnego o imieniu Janus znajduje się gdzieś w mieście. Wkrótce po znalezieniu laboratorium do miasta wdzierają się obcy i porywają doktora McKaya i Jacksona.
|
05x11 - The Lost Tribe - Zaginione plemie
 Doktor McKay i doktor Jackson odkrywają, że skutki uboczne uruchomienia urządzenia Janusa są bardzo niebezpieczne dla galaktyki. Odkrywają też kim naprawdę są ich porywacze. Tymczasem Sheppard na statku Podróżników zmierza na planetę na której są przetrzymywani naukowcy.
|
05x12 - Outsiders - Wyrzutki
 Dr Beckett przebywa na planecie na której przebywają ludzie ocaleni po zarazie Hoffan. Drużyna Shepparda przybywa w odwiedziny i przynosi nowe zapasy leków. Niespodziewanie do wioski wkraczają Wraith z żądaniem wydania wszystkich zarażonych. Jeden z zarażonych w zamian za ocalenie życia zdradza Wraith gdzie znajduje się dr Beckett i dr McKay.
|
05x13 - Inquisition - Inkwizycja
 Dowódca Atlantydy Woolsey wysyła drużynę Shepparda na spotkanie z przywódcami różnych populacji z galaktyki Pegaza. Jednak spotkanie okazuje się pułapką i zostają wtrąceni do celi. Zostają sądzeni za zbrodnie przeciw ludom galaktyki.
|
05x14 - The Prodigal - Syn marnotrawny
 Atlantis zostaje zaatakowane przez Michaela, który blokuje dostęp do pomieszczenia kontrolnego. Dostaje się do głównego komputera i wyłącza zasilanie w całym mieście. Michael ma zamiar porwać syna Teyli i zniszczyć Atlantis za pomocą mechanizmu samozniszczenia.
|
05x15 - Remnants - Pozostałości
 Podczas przeszukiwania dna oceanu McKay odkrywa obce urządzenie emitujące niewielkie promieniowanie. Tymczasem na Atlantis przybywa pracownik I.O.A., który ma przygotować raport oceny pracy Woolseya. Tymczasem Sheppard wybrał się na stały ląd z grupą astrobiologów.
|
05x16 - Brain Storm - Burza mózgów
 Doktro McKay zostaje zaproszony na ziemię by uczestniczyć w spotkaniu znanych fizyków. Na to spotkanie wybiera się z doktor Keller. Organizator spotkania Malcolm Tunney wymyślił sposób na schłodzenie planety i uniknięcie efektu cieplarnianego dzięki projektowi, nad którym pracował McKay.
|
05x17 - Infection - Infekcja
 Do Atlantis przylatuje starek-rój dowodzony przez Todda. Jednak Atlantis nie wykrywa oznak życia na planecie. Kiedy McKay przeszukuje komputer statku Wraith odkrywa mnóstwo usterek. Okazuje się, że statek Wraith zaraził się szczepionką.
|
05x18 - Identity - Toższamość
 Na obcej planecie grupa złodziejaszków odkrywa terminal komunikacyjny Pradawnych i nieświadomie uruchamiają go. Złodziejka Neeva Casol zamienia się świadomością z Dr Keller. Wkrótce McKay odkrywa, że Dr Keller nie jest osobą którą zna.
|
05x19 - Vegas
 Cały odcinek dzieje się w równoległym wszechświecie, z którego kiedyś przybył Dr McKay. Na jego Ziemi przebywa Wraith. Dość często żywi się ludzi. Sheppard jako detektyw, próbuje go złapać. Kiedy wpada na jego trop pojawia się Dr McKay i zdradza, że jego podejrzany jest kosmitą.
|
05x20 - Enemy At the Gate - Wróg u bram
 Wraith przystosowali technologię Pradawnych ze swoją. Wykorzystują moduł ZPM do zasilenia statku-roju, by zwiększyć jego wytrzymałość i siłę ataku. Dzięki sygnałowi wysłanemu z równoległego wszechświata, Wraith znają położenie ziemi i zamierzają ją zaatakować. Dzięki dwóm modułom ZPM zdobytym od Todda, Atlantyda może polecieć na ratunek ziemi.
|
