1x00 - To Be or Not to Be - Być albo nie być
 Organizacja Zjednoczonych Oceanów stara się powołać na dowódcę okrętu podwodnego Seaquest emerytowanego kapitana Nathana Bridgera. Ten jednak nie ma zamiaru zrezygnować z emerytury. Admiral Noyce podstępem ściąga Nathana Bridgera na pokład Seaquest, dzięki temu może on nieoficjalnie poznać załogę. Kiedy piracki okręt Delta-4 atakuje podwodną elektrownie, w sytuacji krytycznej Nathan Bridger przejmuje dowodzenie.
|
1x01 - The Devil's Window - Okno diabła
 W trakcie badania podwodnego wulkanu, Darwin wpływa w opary pobrane z wnętrza wulkanu. Przebywający na pokładzie doktor Raleigh Young chce umieścić w wulkanie specjalnie zaprojektowaną sondę, jednak aby ratować umierającego Darwina Nathan Bridger zostawia platformę badawczą poza wulkanem.
|
1x02 - Treasure of the Mind - Skarb umysłu
 Załoga Seaquest odkrywa Wielką Bibliotekę Aleksandryjską. Wiele krajów wysyła swoje floty, by odzyskać swoje zaginione skarby narodowe. Organizacja Zjednoczonych Oceanów wyznacza Nathana Bridgera jako mediatora do rozmów w czasie konferencji i do pomocy wysyła zespół parapsychologów. Jednak mediacje są niezwykle trudne, z powodu nieustępliwości przedstawicieli krajów biorących w niej udział. Nathan Bridger zmuszony jest podjąć drastyczne kroki by znaleźć wspólny język.
|
1x03 - Games - Gry
 Grupa wypadowa z Seaquesta przybywa do lodowego więzienia w momencie, kiedy to naczelnik Griggs próbuje się wydostać wraz z kapsułą kriogeniczną, w której znajduje się groźny przestępca doktor Rubin Zellar. Wkrótce okazuje się, że doktor Rubin uciekł z więzienia i podszywa się pod naczelnika.
|
1x04 - Treasures of the Tonga Trench - Skarby Tonga Trench
 Porucznik Krieg w trakcie płynięcia Morskim Krabem, wpada w dziwny nurt i odkrywa dziwne stworzenie. Jednak żadne czujniki nie zarejestrowały nic dziwnego. Jedyny dowód na to, że nie zwariował to dziwne świecące kamienie jakie zabrał ze sobą. Wkrótce dziwne stworzenie atakuje okręt Seaquest.
|
1x05 - Brothers and Sisters - Bracia i siostry
 Seaquest dostaje rozkaz zniszczenia starego opuszczonego składu z bronią. Po dotarciu na miejsce okazuje się, że skład zamieszkały jest przez dzieci, które nie chcą opóźnić składu bo to ich dom. Komandor Jonatan Ford musi ewakuować wszystkie dzieci.
|
1x06 - Give Me Liberte - Oddajcie Liberte
 Komandor Jonatan Ford bada stację Aqua-Sfera 7. Jednak okazuje się że z nieznanych przyczyn cały zespół badaczy Aqua-Sfery 7 nie żyje. Po powrocie Komandor Jonatan Ford, wraz z nową załogą poddany jest kwarantanny. Okazuje się, że zespół badaczy Aqua-Sfery 7 znalazł pod wodą stacje kosmiczną Liberte, a na niej śmiertelnego wirusa. Teraz tym wirusem zarażony jest również Komandor Jonatan Ford.
|
1x07 - Knight of Shadows - W świecie cieni
 Kapitan Nathan Bridger doświadcza zjawiska paranormalnego. Wkrótce Seaquest odnajduje wrak statku King George, który zatonął w 1913. Do wraku statku udaje się kilku członków załogi, którzy wkrótce na własnej skórze przekonują się, że statek nawiedzony jest przez duchy.
|
1x08 - Bad Water - Zła woda
 Załoga Seaquesta na pokładzie łodzi desantowa MR-7, próbuje uratować łódź, która poszła na dno wraz z dziećmi na pokładzie. Niespodziewanie łódź desantowa trafiają w dziwną anomalie magnetyczną i zostaje uszkodzona. Załoga zmuszona jest się wynurzyć na powierzchnie. Nie wiedzą gdzie się znajdują, a w ich kierunku zbliża się cyklon.
|
1x09 - The Regulator - Regulator
 Na pokładzie Seaquesta zepsuł się termostat i temperatura dochodzi do 40 stopni. Na pokładzie z zepsutym termostatem znajduje się ponad 30 załogantów, którzy muszą być dokwaterowani do innych. Jednak w Organizacja Zjednoczonych Oceanów nie jest w stanie szybko załatwić tych części, nawet po interwencji Kapitana Nathana Bridgera. Porucznik Krieg musi znaleźć tą część wszelkimi sposobami.
|
1x10 - SeaWest - Morze Zachodnie
 Załoga Seaquesta trafia do Podwodnej Kopalni, z której ktoś wysłał sygnał SOS. Kopalnia w której wydobywają złoto nazywa się Pęknięta Skała. Jednak na miejscu dowiadują się, że nie są zbyt mile widziani, a ktoś kto wezwał pomoc nie może się ujawnić.
|
1x11 - Photon Bullet - Pocisk Fotonowy
 Lucas Wolenczak czuje się bardzo niedoceniany na pokładzie Seaquesta. Dostaje zaproszenie do węzła komunikacyjnego nr 3, gdzie w szczególny sposób doceniają jego zdolności hakerskie. Lucas po przybyciu na miejsce, decyduje się zostać tu na dłużej. Wkrótce okazuje się, że Martin Clanes ma ukryte plany wobec Lukasa.
|
1x12 - Better Than Martians - Lepiej od Marsjanina
 Seaquest zostaje wysłany na morze Andamańskie, gdzie rozbija się lądownik załogi kosmicznej wracającej na Ziemię. Tymczasem morze Andamańskie jest strefą wojenną i Seaquest trafia na pole minowe. Prezydent konfederacji Montagnard Hoi Chi sam chce odnaleźć lądownik, by poprawić swój wizerunek na świecie i nie wacha się nawet zniszczyć Seaquesta.
|
1x13 - Nothing But the Truth - Tylko prawda
 Na pokładzie Seaquesta ma być przeprowadzony eksperyment, mający na celu sprawdzenie nowych syfonów hydraulicznych, które mają automatycznie napowietrzyć tonący statek. Na pokładzie pozostaje kilka osób załogi, kiedy to Seaquest otrzymuje sygnał SOS. Po zacumowaniu uszkodzonego statku okazuje się, że na jego pokładzie znajdują się terroryści, którzy zajmują Seaquest.
|
1x14 - Greed for a Pirate's Dream - Chciwość dla snu o piratach
 Doktor Raleigh z pokładu Seaquesta wypuszcza w głąb krateru lawy boje magmową, dzięki której będzie można przewidywać wybuchy wulkanów i trzęsienia ziemi. Cztery miesiące później boja magmowa zostaje wyrzucona na bezludną wyspę. Na wyspie tej znajduje się grupa poszukiwaczy skarbów, która właśnie co odkryła pozostałości skarbu piratów.
|
1x15 - Whale Song - Wielorybi śpiew
 Maximillian Scully od wielu lat walczy o ochronę środowiska morskiego. Kiedy jednak według niego Rządy robią zbyt mało, w walce z wielorybnikami, sam zamierza z nimi walczyć i torpeduje statki wielorybnicze. Kiedy przez pomyłkę trafia w statek pasażerski Kapitan Nathan Bridger dostaje rozkaz wytropienia i zniszczenia łodzi podwodnej Maximilliana Scully.
|
1x16 - The Stinger - Śmiałek
 Lucas Wolenczak i Komandor porucznik Katie Hitchcock budują jedno miejscową łódź podwodną, aby wziąć udział w wyścigach UEO. W trakcie próbnego pływania, łódź zostaje skradziona. Wkrótce dowiadują się, że śmiałka skradł przeciwnik Tucker Technologies, która doszczętnie zniszczyła śmiałka. Załoga Seaquesta musi w 2 dni zbudować nowy statek całkowicie od podstaw.
|
1x17 - Hide and Seek - Zabawa w chowanego
 Kilku członków załogi ma ten sam sen, w którym Darvin coś przynosi. Taki sam sen ma dyktator Milos Tezlof, który z pomocą doktor Kristin Westphalen dostaje się na pokład Seaquesta. Milos Tezlof zrzeka się tronu w zamian za pomoc w uleczeniu syna, który zaniemówił po śmierci matki.
|
1x18 - The Last Lap at Luxury - Ostatnie chwile w luksusie
 Na pokład Seaquesta przybywa Sekretarz Generalny Dre. Lucas Wolenczak zostaje zaproszony na szczyt UEO. W trakcie spotkania dochodzi to tajemniczego zniknięcia ośmioro członków konfederacji oraz Lucasa.
|
1x19 - Abalon
 Komandor Jonathan Ford pobija rekordy głębokości przebywania w skafandrze. Kiedy jednak zaczyna widzieć pływającą bez skafandra kobietę, na głębokości ponad 10 kilometrów, kapitan Nathan Bridger wysyła go na urlop. Kiedy Jonathan Ford przebywa na plaży widzi tą samą kobietę i wkrótce zostaje porwany. Trafia do podwodnego laboratorium, gdzie przebywa doktor Franklin Wise, prowadzący zakazane eksperymenty.
|
1x20 - Such Great Patience - Zadziwiająca cierpliwość
 Seaquest przybywa do miejsca w którym nastąpiło podwodne trzęsienie ziemi. Podczas wstrząsu wtórnego, zostaje odkryty wielki pozaziemski statek, który znajdował się pod dnem oceanu ponad milion lat. Załoga Seaquesta wchodzi na pokład obcego statku i spotyka obcego. Wkrótce okazuje się, że obcy nie chcą skontaktować się z ludźmi tylko z Darwinem.
|
1x21 - The Good Death - Dobra Śmierć
 Seaquest dostaje się na okręt łodzi podwodnej na której znajdują się dzieci. Okazuje się, że dzieci uciekają przed Szwadronami Śmierci i udało im się dzięki córce doktor Kristin Westphalen. Jednak ostatni Morski Trab zostaje uszkodzony i Komandor Jonathan Ford wraz z doktor Kristin Westphalen i jej ciężko ranną córką trafiają na ląd, gdzie poszukiwani są przez Szwadrony Śmierci.
|
1x22 - Higher Power - Wysokie napięcie
 Ojciec Lucasa Wolenczaka, wybudował podmorską globalną hydroelektrownie, która ma zastąpić wszystkie elektrownie świata. Podczas uruchomienia elektrowni dochodzi do niespodziewanej awarii i cały świat pogrąża się w ciemności. Jedynym ratunkiem jest odpalenie wszystkich nuklearnych znajdujących się na pokładzie Seaquestu.
|
2x01 - Daggers - Sztylety
 Okręt Seaquest zostaje prze budowany i unowocześniony. Na pokład przybywają nowi członkowie załogi. Tymczasem w kolonii więziennej UEO dochodzi do buntu. Genetycznie wyhodowane formy życia zwane Daggersami buntują się i biorą na zakładników strażników więzienia. SeaQuest zamiast na paradę zostaje wysłany do kolonii więziennej, by wszelkimi sposobami uwolnić zakładników. Tymczasem część Daggerów atakuje siedzibę Organizację Zjednoczonych Oceanów i porwali generała Thomas'a oraz kradną najnowszy statek bojowy UEO.
|
2x02 - The Fear That Follows - Strach, który sięga
 Darwin zostaje zaaresztowany przez porucznika UEO Jessupa Rienhardta. Darwin został podejrzany szpiegostwo. Okazuje się, że Darwin kontaktuje się z kosmitami, z którymi załoga SeaQuest niedawno się spotkała. Kosmici wracają na ziemię, by nawiązać pierwszy kontakt z Ziemią. Jednak kosmici ukrywają swoje prawdziwe powody przybycia na ziemię.
|
2x03 - Sympathy for the Deep - Sympatia do Głębokości
 Była dziewczyna kapitana Bridgera kontaktuje się z SeaQuestem i prosi o pomoc. Spokojna kolonia Mirandy, w której prowadzony jest eksperyment parapsychologiczny doświadcza masowej histerii. Po przybyciu na miejsce, załoga Seaquesta również zaczyna odczuwać skutki masowego szaleństwa.
|
2x04 - Vapors - Opary
 Z Lukasem kontaktuje się ojciec Piccolo, prosząc o pomoc. Piccolo, wraz z Lukasem i Dagwoodem udaje się na spotkanie z ojcem i dowiaduje się szokującej wiadomości o swojej matce. Ford, Brody i Ortiz udają się na przepustkę, w trakcie której chcą znaleźć jakieś dziewczyny do towarzystwa. Tymczasem na statku krążą plotki o romansie kapitana Bridgera i doktor Smith.
|
2x05 - Playtime - Czas na zabawę
 SeaQuest odbiera wezwanie pomocy wysyłaną z podwodnej anomalii. Po przejściu przez anomalię okazuje się, że załoga SeaQuesta trafia ponad 200 lat w przyszłość, na Ziemię na której ludzkość doprowadziła się na skraj wyginięcia. Na całej planecie znajduje się już tylko 2 nastolatków uzależnionych od gier komputerowych. Okazuje się że sygnał pomocy wysłał superkomputer, który che ratować ludzkość.
|
2x06 - The Sincerest Form of Flattery - Pierwsza forma pochlebstwa
 W momencie aktualizacji systemu komputerowego eksperymentalnej łodzi podwodnej dochodzi do awarii, w wyniku której okręt sam wypływa z tajnej bazy i zaczyna atakować bazy UEO. Seaquest dostaje zadanie wytropienia i zniszczenia tego statku. Wkrótce okazuje się, że statkiem kieruje sztuczna inteligencja. Kapitan Bridger odkrywa, że komputer statku kierowany jest programem, w którym 12 lat temu Bridger symulował atak renegatów na bazy UEO.
|
2x07 - By Any Other Name - Przez dowolne inne imię
 SeaQuest przybywa do podmorskiej kolonii rolniczej, z której odebrali sygnał S.O.S. Po przybyciu na miejsce stacja wydaje się być opuszczona. Porucznik Henderson w trakcie zwiadu zrywa kwiaty i zabiera je na pokład SeaQuestu. Wkrótce okazuje się że roślina zaczyna mutować i staje się zagrożeniem dla statku i całej załogi.
|
2x08 - When We Dead Awaken - Kiedy umrę
 Porucznik Brody stara się poderwać nieznajomą kobietę. Wkrótce okazuje się, że ta kobieta to jego matka zamrożona kriogenicznie 22 lata temu. Porucznik Brody dowiaduje się, że matka jest śmiertelnie chora, gdyż wirus którym się zaraziła jest nieuleczalny. Jakby tego było mało ktoś próbuje zabić jego matkę.
|
2x09 - Special Delivery - Specjalna przesyłka
 Doktor Smith przeprowadza na pokładzie SeaQuesta badania psychologiczne załogi. W tym czasie Dagwood dostaje przepustkę na ląd. Jednak zostaje zaaresztowany, gdyż zostaje oskarżony za morderstwo. Chociaż sam Dagwood twierdzi, że jest niewinny dowody są jednoznaczne. Porucznik Brody i komandor Ford, chcą uprzyjemnić Dagwoodowi ostatnie chwile na wolności.
|
2x10 - Dead End - Ślepy zaułek
 Lucas, Brody, O'Neill i Henderson zostają wciągnięci do podwodnej jaskini. W jaskini spotykają Marcusa Rawlingsa, który został wciągnięty do tej samej jaskini z drugiego końca Ziemi. Wkrótce okazuje się, że istnieje szansa ratunku, jednak z powodu małej ilości zasilania i braku powietrza, jedna osoba musi zostać w jaskini.
|
2x11 - Meltdown
 Ojciec Komandora Forta prosi o pomoc syna w prowadzeniu rodzinnej firmy rolniczej. Tymczasem prowadzone na południowym Atlantyku operacje górnicze prowadzą do podwyższenia temperatury oceanu. Podwyższona temperatura uwalnia zamrożonego prehistorycznego krokodyla. Krokodyl zaczyna zagrażać życiu pobliskich mieszkańców.
|
2x12 - Lostland - Zaginiony ląd
 Komandor Ford uczestniczy w misji głębokiego nurkowania w skafandrze. Na dnie znajduje starożytny hełm, który pochodzi z Atlantydy. Wkrótce członkowie załogi, którzy mieli styczność z hełmem zaczynają mieć halucynacje. Okazuje się że hełm jest prawdziwy, jednak jest też nałożony starożytną klątwą.
|
2x13 - And Everthing Nice - I wszystko Miłe
 Korzystając z wolnego czasu załoga SeaQuest udaje się do baru wirtualnej rzeczywistości. W tym barze Lucas poznaje kobietę swojego życia, o identycznych zainteresowaniach i zakochuje się. Składa rezygnację kapitanowi Bridgerowi. Jednak wkrótce okazuje się nieznajoma wraz ze swoim ojcem, wykorzystała Lukasa by przejąć kontrolę nad SeaQuestem.
|
2x14 - Dream Weaver - Tkacz snów
 SeaQuest ma za zadanie śledzić kometę, oraz zebrać jej szczątki, które wpadły do oceanu. Jednak zanim załoga zdążyła zebrać szczątki kometa całkowicie rozpadła się. Wkrótce tajemniczy kokon otacza SeaQuesta, a na jego pokładzie pojawia się obca forma życia, która zaczyna atakować członków załogi.
|
2x15 - Alone - Sam
 Człowiek posiadający nadprzyrodzone zdolności psychiczne i telepatyczne nazywający się Avatarem, atakuje urzędników UEO i strasząc samego sekretarza generalnego McGatha. UEO aresztuje wszystkich telepatów i umieszcza w specjalnych obozach. Podejrzana jest również doktor Smith, która zmuszona jest uciekać przed siłami bezpieczeństwa UEO. Tylko doktor Smith może powstrzymać szaleńca.
|
2x16 - Watergate
 SeaQuest eskortuje gwiazdę rocka Sarah Toenin w trakcie trasy koncertowej. Tymczasem Lucas i O'Neil odkrywają starożytną piramidę. Wkrótce Sarah zaczyna mówić Starożytną Greką, a na pokładzie SeaQuestu pojawia się duch mitologicznego białego konia. Po wpłynięciu SeaQuestu do piramidy załoga odkrywa wielki posąg przedstawiający Sarah.
|
2x17 - Something in the Air - Coś w powietrzu
 Załoga SeaQuesta otrzymuje zadanie pomóc grupie badaczy zbadać tajemniczą starożytną szkatułkę. Wkrótce po otwarciu szkatułki okazuje się, że w szkatułce uwięziony był starożytny zły demon, który uwolniony zaczyna atakować i przejmować ciała badaczy oraz zespołu z SeaQuestu.
|
2x18 - Dagger Redux - Sztylet Redux
 Z więzienia UEO zostaje uwolniona Mariah, Dagger która prowadziła powstanie przeciw UEO. Tymczasem O'Neill rezygnuje z pracy na SeaQueście, by zająć się swoim hobby. Wkrótce Mariah porywa O'Neilla, by dzięki niemu zemścić się na kapitanie Bridgerze oraz by zniszczyć SeaQuesta.
|
2x19 - The Siamese Dream - Syjamski sen
 Piccolo i Dagwoodowi śnią się identyczne marzenia senne. Doktor Smith zabiera ich do ośrodka parapsychologii, gdzie wraz z Clay Marshall mają zostać zbadani pod kontem zdolności telepatycznych. Tymczasem sprowadzenie Piccolo i Dagwooda do ośrodka jest sprytnym planem Claya Marshalla, by ostatecznie dostać się na pokład SeaQuesta.
|
2x20 - Blindsided - Przyciemnienie
 Picollo wraz z przyjacielem zostają przetransportowani do siedziby UEO na badania związane z przeszczepem skrzeli. W trakcie przelotu nad południowoamerykańską dżunglą ich samolot zostaje zestrzelony. W dżungli zostają zaatakowani przez wojownika posiadającego eksperymentalny kamuflaż. Wkrótce Piccolo zostaje znaleziony przez żołnierzy konfederacji południowoamerykańskiej i posądzony o szpiegostwo.
|
2x21 - Splashdown
 Na pokładzie SeaQuestu pojawia się Keller, człowiek który jakiś czas temu wyruszył w kosmos z kosmitami. Niespodziewanie SeaQuest zostaje wyciągnięty z oceanu przez olbrzymi statek kosmiczny i przetransportowany daleko w kosmos do oceanu na obcej planecie. Wkrótce okazuje się, że załoga SeaQuesta zostaje wciągnięta w sam środek wojny domowej kosmitów na planecie Hyperion.
|
Kapitan transportowca Oliver Hudson ma obsesję na punkcie SeaQuesta, który 10 lat temu zaginął w tajemniczych i niewyjaśnionych okolicznościach. Bez SeaQuesta UEO stało się słabe. Sojusz Macronezyjski szybko zdobywa kolejne podwodne tereny i uznaje je jako swoje. Niespodziewanie SeaQuest powraca. Załoga nie ma pojęcia co się z nią stało i gdzie zniknęli na 10 lat. Tymczasem Oliver Hudson przejmuje dowództwo nad SeaQuestem.
Firma Deon International oficjalnie zaangażowana jest w pomoc uchodźcom z terytorium Sojuszu Macronezyjskiego. Tymczasem Larry Deon wykorzystując olbrzymią górę lodową kieruje ją w stronę Arabii Saudyjciej, by ostatecznie zalała pustynie saudyjską. Na powierzchni góry lodowej znajdują się uchodźcy przez co SeaQuest nie może jej po prostu zniszczyć. Wśród uchodźców znajduje się dawny członek załogi Benjamin Krieg.
W kolonii Persoidy znikają statki transportowe. UEO wysyła SeaQuest by zbadał sprawę. Na miejscu załoga SeaQuestu współpracuje z dowódcą ochrony Elanie Morse, która była kiedyś narzeczoną kapitana Hudsona. Tymczasem w kolonii Dagwood spotyka grupę Daggersów.
Kapitan Hudson ma zezwolić na uruchomienie super nowoczesnego pociągu linii pacyficznej i wyznacza Lucasa by obserwował ten dziewiczy kurs. W podróży prywatnie uczestniczą jeszcze Ford i Henderson. Tymczasem Deon International sabotują ten pierwszy kurs próbując doprowadzić do wypadku.
Rakiety UEO niszczą placówkę Sojuszu Macronezyjskiego doprowadzając na skraj wojny. Rakiety zostały wystrzelone z tajnej bazy UEO pochodzącej z terytorium Sojuszu Macronezyjskiego. Załoga SeaQuestu ma badać placówkę, z którą ponad pół roku temu urwała się łączność i której dowódcą jest admirał Vanalden.
Wracając z zakupów porucznik Henderson ratuje grupę dzieci, których starek został zaatakowany na terytorium Sojuszu Macronezyjskiego. Dzieci okazują się przemytnikami, a porucznik Henderson zostaje złapana i aresztowana za szpiegostwo i porwanie. Prezydent Alexander Bourne publicznie skazuje porucznik Henderson na śmierć. Załoga SeaQuest wbrew rozkazom UEO organizuje misję ratunkową.
SeaQuest znajduje się w obszarze zagrożeń biologicznych, w którym cały ekosystem został zniszczony przez wirus. Wirus został stworzony 12 lat wcześniej na pokładzie SeaQuestu by niszczyć zagrożenia przemysłowe. Na pokład SeaQuestu przybywa Nathan Bridger z pomysłem, który ma zniwelować działanie wirusa. Tymczasem Lucas ma zupełnie przeciwną perspektywę na problem. 
Ambasador Max Scully który od wielu lat walczy o czystość ekologiczną oceanów, przybywa na pokład SeaQuest. Jednocześnie na okręt trafia Elanie Morse. Załoga SeaQuest niechętnie współpracuje z ambasadorem, gdyż ten 10 lat temu walcząc z łowcami wielorybów, zatopił statek pasażerski. Wkrótce ambasador Max Scully przejmuje kontrolę nad SeaQuestem by zniszczyć podwodny skład odpadów radioaktywnych i tymczasem zniszczyć całą Ziemię, oprócz małego ekologicznego raju zwanego Ectopia.
Kapitan Nathan Bridger przejmuje dowództwo nad SeaQuestem by dostać się na terytorium Sojuszu Macronezyjskiego do dawnej bazy UEO. W bazie w ukrytych pomieszczeniach znajdują się kryształy danych, na których zawarte są informację o eksperymentach na ludziach. W czasach kiedy baza działała, przebywali na niej komandor Ford oraz kapitan Bridger. Teraz wracają do nich bolesne wspomnienia.
Niespodziewany wypadek w reaktorze SeaQuestu cofa go w przeszłość do roku 1962. W tej alternatywnej rzeczywistości ludzkość została zniszczona w wyniku wojny nuklearnej rozpoczętej w czasie kryzysu kubańskiego. SeaQuest zamierza powtórzyć awarię, aby znów cofnąć się w czasie i zapobiec wojnie.
SeaQuest zabezpiecza szczyt UEO, podczas którego ma zamiar podpisać nowy kodeks. Jednak prezydent Aleksander Bourne i Larry Deon wykorzystują wszczepiony implant porucznik Fredericks, by wykonać zamach. Nieświadoma swoich czynów porucznik Fredericks ma zamordować sekretarza generalnego McGatha.
Załoga SeaQuest uczestniczy w misji dyplomatycznej na wyspie Federacji Tartar. W trakcie oprowadzanie delegatów porucznik Henderson spotyka dawną miłość i dowiaduje się, że jest nie tylko więźniem, ale i niewolnikiem. Na wyspie znajduje się również więzień Mason Freeman, podwładny Larrego Deona. Wkrótce Obaj więźniowie uciekają z więzienia, kradnąc okręt podwodny i biorąc zakładników, którymi są naukowcy UEO.
W strefie wolnego handlu zostaje zaatakowana baza UEO. SeaQuest ma patrolować ten teren. Tymczasem porucznik O'Neill romansuje z tajemniczą Azjatką, która zamierza przybyć na Seaquest w trakcie trwającego kryzysu. O'Neill chce zaryzykować karierę, by uratować tajemniczą kobietę w której się zakochał. Wkrótce okazuje się, że tajemnicza Azjatka jest obywatelką Chaodai. Kapitan Heiko Kimura oferuje myśliwiec i informacje o Chaodai w zamian za azyl UEO.